在第21集《黑衣组织的影子》，我们首次感受到这个组织的存在感。虽然当时并未直接露面，但通过间接线索和人物对话，观众已经隐约感觉到一股强大的邪恶力量正在幕后操控一切。这一集为后续情节埋下了重要的伏笔。

到了第48集《黑暗组织的陷阱》，黑暗组织终于开始显露出真容。在这集中，琴酒与伏特加这对组合首次登场，他们以冷酷无情的形象给观众留下了深刻印象。他们的出现标志着案件复杂性的升级，并且直接牵连到了主角团的安全。

紧接着，在第59集《消失的名侦探》里，黑暗组织再次现身，这次的目标直指毛利小五郎。通过精心设计的骗局，他们不仅成功让毛利陷入危机之中，还进一步推动了主线发展。这一集中，观众能够清晰地看到黑暗组织成员之间高度默契的合作方式以及他们对于目标毫不留情的态度。

随后，在第70集《被瞄准的高中生侦探》中，工藤新一（即柯南）与黑暗组织之间的正面交锋拉开了序幕。这一集不仅是对前期伏笔的一次总结性回顾，同时也开启了二人之间长期对抗的新篇章。随着真相逐渐浮出水面，黑暗组织背后的秘密也变得愈发扑朔迷离起来。

到了第163集《黑色冲击！》，黑暗组织终于迎来了属于自己的高光时刻。这一集堪称整部作品中最扣人心弦的部分之一，不仅揭示了许多隐藏已久的秘密，而且也让观众见识到了这个组织令人胆寒的实力。尤其是最终高潮部分，当所有线索交汇在一起时，那种震撼人心的感觉至今仍让人难以忘怀。

除了以上提到的关键集数之外，《名侦探柯南》中还有许多其他精彩的片段涉及到黑暗组织的相关内容。例如第216集《零的执行者》便是近年来备受好评的一部剧场版电影，其中同样包含了大量关于黑暗组织的情节描写。这些桥段共同构成了一个庞大而又缜密的故事体系，使得整部作品更加引人入胜。

总而言之，《名侦探柯南》中的黑暗组织无疑是整部动漫的灵魂所在。它不仅仅是一个简单的反派角色集合体，更像是一面镜子，映照出了人性中最丑陋的一面。正是由于有了这样一个强大而神秘的存在，才使得整个故事充满了张力与悬念，让无数粉丝为之痴迷不已。